Leggyakrabban a fogak mély szuvasodása, traumája következtében előforduló fogbélgyulladás vagy  fogbélelhalás  teszi szükségessé a gyökérkezelést. Ez a kezelés a fog megtartását célozza és segítségével szeretnénk megelőzni a komolyabb foggyökér körül kialakuló gyulladásos kórképeket.

Elhalt fogak esetén a fogban lévő elhalt pulpaszövet felülfertőződésnek van kitéve. A fog belsejében megtalálható bonyolult gyökércsatorna rendszer alapos tisztítása a csatornák feltárása a cél.
Megfelelő mértékű feltágítással az elhalt vagy befertőződött pulpaszövet eltávolításra kerül, illetve a fertőzött csatornafal alapos megmunkálását végezzük el.

A megmunkálás során mechanikai preparálást (átreszelést) végzünk és kémiai anyagok, átöblítő szerek segítségével érjük el a kívánt fertőtlenítést.

Az alapos mechanikai megmunkálásnak kifejezetten a már befertőződött fogaknál van nagy jelentősége, ahol a csatornafal (dentinrétegek) is már fertőződtek, illetve olyan esetekben, ahol a gyökércsatorna rendszer bonyolultabb (erősen görbült csatornák/ szűk/ elágazó csatornák) kifejezetten fontos lépés a megfelelő mértékű mechanikai megmunkálás, hogy a kémiai átöblítőszerek a teljes csatornarendszerben kifejthessék hatásukat.